Se cree que Berja tiene sus orígenes en los íberos o los fenicios, siendo difícil de determinar, pero lo que es seguro es que se trata de la
Vergis de la Bética romana, destacando de esta época las ruinas de Villavieja, con restos de un anfiteatro y de un acueducto.
Con la llegada de San Tesifonte en el siglo I comienza la época paleocristiana de Berja. De esta época tenemos monedas, cruces y sobre todo un magnífico sarcófago, único en su género, que fue encontrado en la barriada de Alcaudique y que fue cedido al Museo Arqueológico Nacional.
Después de la destrucción de la ciudad en el siglo V por un terremoto, los habitantes se instalaron en diferentes núcleos de población, prevaleciendo uno de ellos que se convirtió en la actual Villa de Berja. Tras la invasión árabe de la península, pasó a ser
Berchat y se construyó una alcazaba aprovechando las antiguas murallas romanas. De esta época se conservan unos baños en el barrio de Benejí.
La ciudad fue reconquistada por los Reyes Católicos en el año 1489, pero casi un siglo después, los moriscos se sublevaron en las conocidas como “Navidades de sangre”, en la Nochebuena del año 1568, asesinando a casi todos los cristianos y dando comienzo a la Guerra de las Alpujarras. Fue aquí donde Aben Humeya sufrió su principal derrota, tras una feroz batalla que mermó sus tropas, decantando la guerra a favor de los cristianos. Todos estos episodios costaron gran cantidad de vidas, dejando la ciudad prácticamente despoblada.
Hubo que esperar hasta finales del siglo XVIII, al amparo de la revolución industrial, para que Berja recuperara nuevamente su esplendor, debido a la abundancia de plomo de la Sierra de Gádor. Gracias a la explotación intensiva de las minas de plomo, Berja llegó a tener 30.000 habitantes, recibiendo el título de ciudad en el año 1876.
Actualmente, el pilar económico de Berja es el cultivo de hortalizas en invernadero, con un importante crecimiento en los últimos años de la agricultura sostenible.