La actividad principal de El Ejido se caracteriza desde la segunda mitad del siglo XX por la explotación agrícola intensiva, principalmente con la producción de hortalizas en invernaderos, siendo conocido el municipio como el mar de plástico.
La historia de esta población dedicada a la agricultura está ligada al yacimiento arqueológico de Ciavieja, el cual está inscrito en el Catálogo General del Patrimonio Histórico Andaluz desde el año 2017, donde existieron numerosos asentamientos que van desde la Prehistoria hasta la época romana.
Del Neolítico y la Edad de Cobre (con tradiciones de la conocida como Cultura de Almería), se tiene constancia de la existencia de un poblado de cabañas fechable en el del III milenio a. C., siendo de gran valor los restos cerámicos de la época, mientras que su decadencia se registra al final de la Edad de Bronce con la cultura del Argar. Así mismo, el yacimiento fue ocupado por una comunidad púnica en el siglo V a. C., la cual perdurará hasta la conquista romana.
El pasado romano de El Ejido se halla en la ciudad de Murgi, datada entre los años 70 y 74 d. C., una población próspera a nivel económico y social de la que dependían determinados núcleos poblacionales y rurales, así como un puerto.
En este yacimiento romano se han encontrado restos de termas, un mosaico, un posible circo, moneda propia o tumbas. Se calcula que la localidad fue abandonada definitivamente en el siglo IV debido a las migraciones que se fueron sucediendo hacia el interior.
El medievo se caracterizó en la zona por el desarrollo de la actividad ganadera, con la construcción de numerosos aljibes que hoy conforman parte del patrimonio cultural de la ciudad, quedando las tierras despobladas tras la Guerra de Las Alpujarras (1568- 1570) con la expulsión de los moriscos.
La Edad Moderna llega con la expansión del cultivo del cereal en el interior durante los siglos XVII y XVIII, mientras que la costa continuó con la actividad pesquera, la construcción de almadrabas y la obtención de sal en las salinas, así como el levantamiento de un sistema defensivo contra los piratas compuesto por diferentes castillos y torres.
A mediados del siglo XX la ciudad experimenta un exponencial desarrollo de la agricultura intensiva con la tecnificación del proceso productivo, principalmente de hortalizas, dando lugar a una gran actividad económica y demográfica en la zona que llega hasta nuestros días.
En el año 1982, el pleno de la Corporación aprobó la segregación de El Ejido del Campo de Dalias, quedando conformado como municipio autónomo.