Se trata de un templo de estilo mudéjar, reconstruido totalmente tras ser quemado durante la rebelión de los moriscos en 1568. La advocación a San Francisco Javier parece responder a la presencia de gentes procedentes de Navarra en la repoblación realizada tras la expulsión de los moriscos.
En su interior alberga un interesante retablo del siglo XVI y bellas tallas barrocas de la escuela granadina de Alonso Cano, como la del patrón de la localidad, San Francisco Javier, y la Inmaculada Concepción.