Al igual que muchas construcciones eclesiásticas almerienses, esta iglesia se construyó en el lugar donde antiguamente se encontraba una mezquita musulmana. La construcción de este templo inició cerca del año 1550 por el arquitecto Juan de Orea, y culminó cerca de la conclusión de la rebelión de los moriscos.
La arquitectura de este edificio se divide en tres naves, que se diferencian entre sí por dos arcos que son sostenidos por columnas ovaladas de cantería.
La Iglesia de San Ginés, consagrada a Nuestra Señora de la Encarnación, posee tres capillas que datan del siglo XVIII: la primera dedicada a la Virgen del Carmen, la segunda dedicada a la Virgen del Rosario y la tercera a la Virgen de los Dolores.
Dentro de sus instalaciones se han descubierto y restaurado varios frescos de gran importancia artística, religiosa e histórica.
La Junta de Andalucía la declaró monumento histórico y artístico en mayo de 1983, lo que sirvió para favorecer una restauración que se inició en el año 1989 y concluyó dos años después.